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首页 > 拜谱生物 > 干货分享 > Nature Plants(IF=15.8)| SUMO体现蛋清酶质组新方式提供 !建设方案新款SUMO化蛋清酶质组数据源库!

Nature Plants(IF=15.8)| SUMO修饰蛋白质组新方法提出!构建全新SUMO化蛋白质组数据库!

发布时间:2024-09-25
SUMO化遮盖也是种重点的翻译资料后遮盖,SUMO原子核使用在E1纯化酶、E2通过酶和E3连入酶的参与性下共价通过才是物核球蛋清质赖氨酸残基上,在的控制树种萌发期期、营养健康卫星信号传导电流和胁迫表现中起重点点功用。SUMO化核球蛋清质和SUMO遮盖具体步骤中有关的酶的损坏一般会导致树种萌发期期特别虽然死亡者,这呈现SUMO化遮盖在控制树种萌发期期成长具体步骤中起着主要功用。是因为阶段在树种中被评定费出的SUMO化核球蛋清质占比较少,然而SUMO 化在树种中的丰度较低且情况性较高,所以评定费SUMO化核球蛋清质和 SUMO化位点是很兼备挑战自我性的。

2024年9月18日,南方科技大学的王鹏程讲师(拜谱微生物配合科学历史学家)及其研究团队在Nature Plants上发表了题为“Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis”的研究论文。该论文通过向拟南芥sumo1 sumo2突变体中插入赖氨酸缺失的SUMO1基因(K0-SUMO1),以成立一个多种两步来完成赖氨酸损坏SUMO生物富集最简单的方法,建立了新一代 的作物SUMO化蛋清质组数据资料库,为进一步探索SUMO化如何调节蛋白质功能提供了宝贵资源。

英语便秘尴尬检查经历:Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis

中文名填空题:拟南芥中高度敏感的位点特异性SUMO化蛋白质组学

刊登期刊论文:Nature Plants

印象细胞:15.8

研究探讨策略

图1研究分析理念图

深入分析效果

01、拟南芥K0-SUMO1核膳食纤维酚类化合物析

先前的研究表明sumo1-1、sumo2-1双突变体是没有办法正常发育的,因此作者先将K0-SUMO1基因片段导入sumo1-1、sumo2-1双突变体中,发现植物生长基本正常,并且通过Western Blot实验观察到K0-SUMO1植物中的蛋白可能具有功能性。因此,原作者进2步借助简化的2步亲和丰度技术做出质谱概述,共鉴定到2000+个独特的SUMO化位点、1300个SUMO化蛋白,其中拟南芥SUMO化位点的位置更加多样化,会发生在不同的基序上,与其他真核生物不同。SUMO化蛋白质组的GO功能分析发现检测到的蛋白质主要在不同的核过程发挥作用,包括基因沉默、基因调控以及DNA修饰和修复。

图2 SUMO化突显蛋白酶质组(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

02、SUMO化体现淀粉酶和位点的查证

为确认隐藏的的SUMO1蛋清,本研究通过原核表达系统获得重组SUMO化蛋白,并参与了身体测试。作者随机选择了九个候选蛋白,通过免疫印迹法发现在SUMO1蛋白存在的情况下,这些候选蛋白都可以发生SUMO化。随后使用野生型和位点突变的重组SUMO1蛋白进行了体外SUMO化实验,以验证通过SUMO化遮盖位点,实验结果表明多个鉴定到的底物位点在体外仍可以发生SUMO化修饰。综上所述,SUMO化位点的定点突变和体外SUMO化实验进一步验证了组学方法鉴定结果的准确性。

图3 SUMO化球蛋白和位点的体内手机验证(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

03、热打断蛋白酶质组的酶联免疫法相对较

前面的实验结果发现在高温胁迫的拟南芥幼苗中鉴定出了1300个SUMO化蛋白。为了进一步评估SUMO化修饰如何调节蛋白质功能,本研究通过TMT膳食纤维质组学比较了热应激前后潜在SUMO化蛋白丰度变化。结果发现在30分钟热应激后,有1,666个和429个蛋白质分别显示出明显上调和下调。在SUMO化的底物中,共鉴定出435个蛋白质,其中有128个蛋白质上调,16个蛋白质下调。因此,这些结果表明SUMO化修饰可能与目标蛋白质的稳定性增加相关。

图4 应用于TMT的化学发光法核膳食纤维组学(图源:Sang T et al., Nat Plants, 2024)

拜谱总结

本研究从蛋清质组的分析角度提供了关于SUMO化作用的生物学功能和位点特异性的信息。通过将赖氨酸缺失突变体SOMO1(K0-SUMO1)引入转基因拟南芥,以创建1种精确度度高的SUMO化蛋白质纯化和质谱检则方式。这种方法从热处理的KO-SUMO1幼苗的1300个SUMO1蛋白中鉴定出超过2200个SUMO1化位点,并通过体外实验验证了方法的准确性,显著地加深了我们对植物SUMO1的理解。热解锁核蛋白一定量特别表明SUMO化修饰增强了SUMO1受体的稳定性。总之,本研究为SUMO化修饰的检测提供了新的方法,为探索SUMO化蛋白功能奠定了重要基础。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司,可提供蛋白组、修饰组、代谢组、转录组、时空组等组学产品,SUMO化突显淀粉酶质组算作公司特色化突显服务,进行效率的丰度技艺、尖部的Astral议器可保持SUMO化淀粉酶和位点的高品性能检测。此外,王鹏程传授看做拜谱专业的医生团成員,在车辆研发部时中为承堂具备专业的推荐和指导意见,以更好的产品回馈大家,欢迎大家咨询!

决定性文献综述:Sang T, Xu Y, Qin G, et al. Highly sensitive site-specific SUMOylation proteomics in Arabidopsis. Nat Plants. 2024;10(9):1330-1342. doi: 10.1038/s41477-024-01783-z.

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