在人类细胞中，DNA充满了组蛋白、RNA和染色质相关蛋白，形成粘性凝胶。在任何给定时刻，只有蛋白质组的一个子集可以结合DNA并组织其结构、转录、复制、修复和其他基本分子功能。2025年5月22日，德国弗赖辛慕尼黑工业大学（TUM）生命科学学院Bernhard Kuster团队在Cell（IF 45.5）杂志上发表了题为“The human proteome with direct physical access to DNA”的研究文章，开发了一种“零距离”光交联方法来定量与活细胞中DNA直接接触的蛋白质，这为探索基因组调控开辟了一条直接途径，适用于许多生物体和系统。

实验可是

1、从光敏养成组织细胞中生成DNA交连营养物质质

为拆分光交连球氨基酸-DNA符合物用到LC-MS定性分析一下，作著定制开发没事种性质发生变化纯化细则，可从DNA中去如果不是交连球氨基酸，仅在影响时依据做出DNA组排斥生物富集DNA交连球氨基酸。用TRIZOL拆分染色法质并弄掉入狱获的非交连球核血清，后来将其再分解以做出RNase转化。依据超音波截段所得到球氨基酸交连DNA的拆分物，在硫氰酸胍中煮开性质发生变化，并在二被氧化硅离心法柱上激烈清洗以去如果不是交连球氨基酸必定会完成任务。依据核酸酶治理从DNA中增加光交连球核血清，并做出胰球核血清酶转化用到LC-MS定性分析一下。该工艺排列顺序为球氨基酸交连DNA拆分或XDNAX。

图1.血清质交连DNA截取或XDNAX程序流程图图（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

2、可单独打交道DNA的球蛋白质含量图谱

将光交连方式 技术应用于MCF7组建内部，挖掘了1,805种得票数蛋清，这之中1,191种有于3个或比较多次从复中。60%的DNA共同用组有核酸构建的GO引用，在匮乏核酸构建引用的蛋清质中，比较大的奉献位于核纤层蛋清，二、是操作复染质组建和组建内部分裂主义的蛋清质（图2）。

图2 . 可单独触碰 DNA 的球蛋白质含量（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

图3汇报总结了DNA完美效用组所抽象性的淀粉酶质-DNA画质还有其构成的核苷酸交连肽。这包涵考虑到（1）球状DNA联系形式域、（2）DNA 联系无序性区（IDR）和（3）考虑到与其他淀粉酶质（如组淀粉酶联系淀粉酶）、RNA（如剪接因素）或相分离法区室（如核仁淀粉酶）完美效用而造成 的坏境介于。

图3 . 可之间玩 DNA的组成部分域（改自：Trendel, et al., Cell 2025）

3、定量分析体细胞扰动期间内与DNA联系的转录分子

雌肾上腺素肾上腺素受体α（ESR1）驻滞留胞质溶胶中，终究会会碰到其配体，驱散易位到内部核，在在哪里它与什么是基因组中的相关区域划分结合实际以解锁相关的转录系统软件。将血清饥饿的MCF7内部裸漏于高使用量雌肾上腺素（10 nM 17β-雌二醇）4两分，与仿真外理的参考内部更它是的DNA互相之间间反应组（图4A）。但其中，雌肾上腺素促使后DNA互相之间间反应组中的ESR1添加了30倍（图4B）。总的讲，在1,814个化学发光法的胆固醇质-DNA互相之间间反应中，约有9%表明出不低于2倍的更为明显转化，并分析到与ESR1有互相之间间反应的胆固醇如POLR2A和SMARCA4等（图4B-C）。

图4 性激素类治理乳房癌細胞 DNA 相互间效用组的定量分析是比较（图源：Trendel, et al., Cell 2025）

个人心得体会

科学学习進入固色体遗传组的淀粉酶质以明白它是怎么样被导入并付诸操作的，直是科研管理工人同一个太久的执着。固色体遗传组可及性主耍以DNA为主的想法来科学学习，殊不知，到目前说不定说不定，固色质凝露中的哪种淀粉酶质与DNA 形成的工具彼此之间功用尚不看清楚。食用零间距光热塑，可出现DNA彼此之间功用组中的基本数淀粉酶质，XDNAX技术工艺将当作淀粉酶质-DNA彼此之间功用科学学习的強大的工具。

拜谱个人总结

该研究基于LC-MS/MS蛋白质谱开发的XDNAX技术，实现了活细胞内蛋白质与DNA直接相互作用的精准捕获与定量分析，绘制了高分辨率的人类DNA互作蛋白图谱，为解析基因组调控网络提供了全新工具。拜谱生物作为一家国内领先的多组学服务公司，可提供完善成熟的核胆固醇组学、表达组学、分解组学、转录组学等多组学产品技术服务体系，整合多组学数据进行深入挖掘分析，全面解析机制机理等，助力高分文章发表。欢迎咨询！

规范专著：

Trendel J, Trendel S, Sha S, Greulich F, Goll S, Wudy SI, Kleigrewe K, Kubicek S, Uhlenhaut NH, Kuster B. The human proteome with direct physical access to DNA. Cell. 2025 May 14:S0092-8674(25)00507-0. doi: 10.1016/j.cell.2025.04.037.