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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已凸显出大范围的动物可溶性，涉及到抗肿癌和抗病力毒意义。经常，三萜是完成甲羟戊酸经过合出的，并从天然的树种和真菌孢子中拆分。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上公布了一篇“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探析文章。该探析遇到三萜类无机化合物野生灵芝粉酸（GA）是经由液态体培养出的无柄野生灵芝粉菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生态学转变制造的。依据转录组和球核苷酸组学技術水平进两步探寻无柄灵芝粉粉菌丝体中DHT制造这两种灵芝粉粉酸（GA）的机能，并基于两组学技術水平检侧到的一定的文化差异人类基因和一定的文化差异球蛋白质，猜测DHT 生态学分解成 GA 的经由。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和基本功能划分

利用对无柄灵芝粉白色念珠菌菌丝体通过转录组测序共获得67230个转录本和14299个单染色体。在这一些单染色体中，49俩被签定为差异性表述方法染色体（DEGs），里面213个表述方法调涨，279个表述方法调整（图1A）。GO含有深入定量分析后，DEGs氛围生物体时（BP）、肿瘤组织化学物质（CC）和氧分子功用（MF）3类。在BP类中，会出现了前多个子类：抗菌药降解分解产生时，冰醋酸盐分解产生时和甲酸盐分解产生时;而在CC类中，肿瘤组织外区、突触塑料体、突触节构是前多个亚类。关于MF类，甲酸脱氢酶（NAD）灵灵渗透性、防氧化还原系统酶灵灵渗透性和酸氨（或酰胺）接触酶灵灵渗透性是前多个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG环路深入定量分析中，前30条含有度很高的环路有27条都是分解产生，里面二氧化氮分解产生、乙醛酸盐和二羧酸盐分解产生、丙酸盐分解产生4g信号环路可观含有（图1D）。

图1|转录酚类化合物析和能力类别

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

顺利借助对无柄虫草细菌菌丝体做好球胆固醇组学定性深入浅析一下，大概确认了16,457种特别肽、2606种球胆固醇和2588种化学发光法球胆固醇。在阀值|FC|>1.2和p<0.05的建立必备条件下，这里2606种球胆固醇中，94种被评定为不一致性表现球蛋清（DEPs），这但其中52种上涨，42种变动（图2A），图2C凸显了不一致性表现球蛋清的聚类算法定性深入浅析一下热图。从GO定性深入浅析一下来说，BP等级分类凸显，通常数DEPs直接参与乙酸盐消化吸收转化历程中、抗菌药拆解消化吸收转化历程中和食用的药物拆解消化吸收转化历程中。CC类DEPs在細胞外区、过脱色物酶体和微体中覆盖率最低，脱色保存酶催化活力性和甲酸脱氢酶（NAD）催化活力性在MF类中DEPs的比倒最低（图2B）。与转录组但是相仿，KEGG径路定性深入浅析一下凸显，更多DEPs在消化吸收转化中丰度，这但其中3条最丰度的路径是光合生态学中的碳不变、碳消化吸收转化和MAPK走势径路（图2D）。虽然，顺利借助定性深入浅析一下GO信息库的CC对DEPs做好亚細胞手机定位定性深入浅析一下和标注（图2E），DEPs首要分布图制作在細胞质（40.66%）、細胞膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），按理来说上是GAs生态学合并的首要地位。

图2|蛋白酶质组的酶联免疫法阐述和的功能确认

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物还原成和对比组得票数DEGs和DEPs定制了维恩图，有20个对比介绍表明表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组通用的DEGs/DEPs做聚类介绍法介绍，会发现mRNA和蛋清质当中有18个上浮表观遗传和8个调低表观遗传，DEGs和它的翻译英语的DEPs表明技术呈正有关于，为Pearson的有关于因子介绍，在转录组和蛋清质组当中查测到相对来说较高的有关于性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测毕竟显视，E组和C组115个DEGs的体现的水平文化差异有效，各举9个为调涨DEGs，3个为调低DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的体现的趋势与转录类物质析毕竟一样。

图3|淀粉酶质组的参考值进行分析和功能表认可

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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