
拜谱生物正式推出基于化学蛋白质组学的衣康过酸表达淀粉酶组学产品,实现1000+艰深度淡化位点查出,不稳定性显现精选靶点,全方法生信浅析解析靶点蛋白功能信息,发现新靶点,并提供从“出现 ”到“证实”全注意事项业务,为深度理解衣康酸及其衍生物在不同疾病研究中的作用机制提供重要依据。
PART 1
01、實驗方法
02、亲测统计资料
03、经“点”重新
在测试动态数据中,检测出两个专著中报导的精选靶点非常衣康酸掩盖位点,如第二个被出现 的衣康酸共价掩盖蛋清KEAP1,也有糖酵解信号通路中的3个重点的酶如LDHA、GAPDH、ALDOA,及炎性小体结构蛋清NLRP3和体细胞挫裂工作中的重点的蛋清RIPK3等,其质谱图方式图右图。
04、软件的特点
1.多方面质控
商业性化活性聊天电极孵育、SDS-PAGE检查、WB验正、模本重要性性分析一下等多方面位检查,确保安全生产項目毕竟稳定可靠性分析。2.高能力质谱测量仪器软件平台
在Orbitrap Astral全新新一批高区分质谱仪作明佛母心咒下,实行衣康硝化作用遮盖位点及淀粉酶鉴定会新宽度,机械助力科学有效探讨新发觉。3.全操作流程一坐式贴心服务
依据拜谱动物加强制度建设的实验设计精准服务平台,可展示 “癌细胞激发→测试探针孵育→WB测试→深奥度衣康硝化作用体现测试→专业生信介绍→特定的位点PRM证实”全程序流程精准服务,省时省劲、方便更先问。05、研究游戏内容(那部分)
06、app走向
PART 2、文章说说
论文参考文献一
用英语关键词:Chemoproteomic profiling of itaconation by bioorthogonal probes in inflammatory macrophages(Journal of the American Chemical Society,Q1,2020)
中文翻译小标题:炎症巨噬细胞中生物正交探针的化学蛋白质组学分析
分析的内容:本研究首次报道了基于衣康酸类似物OI,设计合成了适用于活细胞标记的衣康酸生物正交探针(ITALK),并实现了对炎症巨噬细胞中衣康酸修饰位点的直接鉴定。共鉴定出862个衣康酸化蛋白、1131个半胱氨酸位点,且存在18个赖氨酸和8个组氨酸的衣康酸修饰。这些修饰底物中包括了许多参与到炎症免疫响应和宿主防御相关调节通路中的关键蛋白,例如炎性小体、信号转导、转录和细胞死亡相关蛋白,暗示衣康酸可通过调节多种通路来影响巨噬细胞功能。作者们选取了几个新发现的修饰蛋白BRI3B、WIPI3和RIPK3并通过点突变实验对其修饰位点进行了验证。本研究为理解衣康酸在巨噬细胞炎症反应中的作用机制提供了丰富的数据支持。
(图源:Qin, Wei et al.,J Am Chem Soc. 2020)
资料二
用英语问题:4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation(Cell Reports,Q1,2023)
繁体中文名称:4-辛基衣康酸通过阻断STING蛋白棕榈酰化来抑制其活性
分析资源:cGAS-STING轴在防御外来病原体和维持免疫稳态中起着至关重要的作用。虽然在了解巨噬细胞活化过程中发生的代谢变化方面已经取得了实质性的进展,但对这些代谢变化如何影响cGAS-STING轴却知之甚少。在这项研究中,作者确定衣康酸的衍生物4-辛基衣康酸(4-OI)抑制cGAS-STING的激活。此外,作者发现4-OI抑制cGAS-STING相关的抗病毒免疫反应和自身免疫性炎症。然而,作者发现内源性衣康酸不影响cGAS-STING激活,表明4-OI和衣康酸的功能不同。从机理上讲,研究发现4-OI直接烷基化STING上的Cys91,阻断STING棕榈酰化和寡聚化。4-OI对STING的烷基化代表了STING的另一种翻译后修饰(PTMs)。该研究的发现揭示了cGAS-STING功能通过4-OI烷基化进行调节的机制,并为不同类型PTMs之间的串扰提供了见解。
(图源:Su, Chaofei et al.,Cell Rep. 2023)
PART 3、实例衍生产品工作思路
蛋白质的S-脂酰化(S-acylation)是指脂肪酸与半胱氨酸的巯基通过硫酯键相连。最典型的是棕榈酸,即S-棕榈酰化。催化这一反应的酶属于蛋白质酰基转移酶(protein acyltransferase,PAT)家族,含有DHHC(Asp-His-His-Cys)序列,所以称为DHHC-PAT。由于DHHC基序形成锌指结构域,因此编码这些酶的基因称为含锌指DHHC(zDHHC)。现已发现24种人类zDHHC基因,命名为zDHHC1- 24(无zDHHC10,有zDHHC11B)。这些zDHHC之间的底物亲和力和催化活性差异很大,其中zDHHC17和zDHHC13有较差的底物紧密结合水平,而zDHHC3和zDHHC7具有高效的S-酰化作用。
S-棕榈酰化通过两步机制进行(如下图)。第一步是DHHC基序中的半胱氨酸残基被来自棕榈酰-CoA的棕榈酸酰化,形成酰基酶中间体,这一步通常称为自棕榈酰化。第二步是将棕榈酰基部分转移到蛋白质底物中的半胱氨酸巯基上。
(图源:Anderson, Alison M et al.,NPJ Breast Cancer. 2016)
值得一提的是,在拜谱生物制品衣康过酸修饰语组监测资料中,发现zDHHC13有3个半胱氨酸残基被衣康碱化修饰语(方式图)。不妨设想,zDHHC13的半胱氨酸残基被衣康酸烷基化,影响其自棕榈酰化,进一步影响其靶蛋白的棕榈酰化,进而影响相应的生物学功能,为相关机制机理研究提供新思路。
PART 4、拜谱个人总结
做TCA配置中的当中新陈代谢率转化物,衣康酸调高新陈代谢率转化、抗体和真菌感染区间内的互相使用,为医疗抗体真菌感染性妇科消化道疾病打造了重复使用医疗营销策略。衣康酸成分中的亲电性α,β-不饱和羧酸成分能对核血清质含量上的抗逆性半胱氨酸残基完成烷基化呈现(迈克尔增加不起作用),此全文翻译后呈现被被视为“衣康酸呈现(itaconation)”,转而危害核血清质含量性能,调节管控抗体初次应答和新陈代谢率转化途经,为四种妇科消化道疾病药物剂量科研开发打造新思绪。拜谱生物作为国内领先的多组学公司,全新推出基于化学蛋白质组学的衣康硝化作用绘制蛋白酶组学产品,在全流程高精密仪器和高特异性生物正交探针加持下,可实现高精度、高深度的一站式衣康酸化修饰组检测。另外,可搭配拜谱生物医学研究绝对性参考值靶点新陈代谢组(QMT1000)或养分排泄靶点排泄组食品对衣康酸及其类似物进行靶向绝对定量检测。多组学强强联手,有助于深入理解衣康酸化修饰的功能及其调控机制,为疾病机制机理研究提供科学依据,从而在指导靶向药物设计、疾病治疗等方面创造无限可能。欢迎咨询!
参考使用论文资料
1. Qin W,Zhang Y,Tang H, et al. Chemoproteomic Profiling of Itaconation by Bioorthogonal Probes in Inflammatory Macrophages. J Am Chem Soc. 2020;142 (25):10894-10898. 2. Su C,Cheng T,Huang J, et al. 4-Octyl itaconate restricts STING activation by blocking its palmitoylation. Cell Rep. 2023;42 (9):113040. 3. Anderson AM,Ragan MA. Palmitoylation: a protein S -acylation with implications for breast cancer. NPJ Breast Cancer. 2016;2:16028.